本发明公开了一种SiO2纯度≥99.99％高纯石英砂的提纯方法，包括以下步骤：(1)浮选——多次浮选分离去除长石颗粒及层状铝硅酸盐矿物颗粒杂质；(2)高温活化与水淬冷却；(3)高温碱洗除杂；(4)高温氧化酸洗除杂；(5)超声波多次洗涤、脱水及干燥；(6)高温加热及氯化除杂。本发明的有益效果：使99.5％的原料石英砂经提纯后得到了99.99％的高纯石英砂，显著提高企业的经济效益；探索出了去除石英颗粒中气、液、固杂质包裹体的新方法；把石英颗粒晶型转换的温度提高到1600℃使其晶格键快速断裂，使晶格中的结构水(羟基)、气体包裹体、液体包裹体快速逸出晶格、金属杂质充分显露出来，再通过高温氯化去除这些金属杂质，提高了产品纯度。