本发明公开了基于转录组测序开发的满山红SSR引物对及筛选方法与应用。属于生物技术领域。该引物是基于转录组测序和序列分析得到，在转录组测序的基础上，对大量数据进行筛选，获取富含SSR位点的unigene序列并进行EST‑SSR标记的引物设计，克服了目前满山红SSR分子标记数量少、开发效率低的障碍。利用满山红群体验证EST‑SSR引物的有效性，为满山红遗传多样性研究、遗传连锁图谱构、QTL定位、分子标记辅助育种等遗传学研究奠定了基础。