本发明公开了一种基于SSR标记鉴定黄州萝卜的引物及方法，属于植物分子生物学领域。本发明基于SSR标记鉴定黄州萝卜的引物的序列如SEQ ID NO.1‑2所示。本发明方法包括如下步骤：提取待检样品的DNA，使用序列如SEQ ID NO.1‑2所示的引物进行PCR扩增，扩增产物进行电泳，若400bp处有特异条带，则判断所鉴定样品是黄州萝卜。本发明首次开发出适用于黄州萝卜特征与纯度检测的SSR分子标记，大大提高了鉴定黄州萝卜的速度和准确性。